Το Κουτσουνάρι βρίσκεται στη νοτιοανατολική ακτή του νησιού. Το χωριό βρίσκεται σε υψόμετρο 60 μέτρων[4] και απέχει 9 χιλιόμετρα από την Ιεράπετρα. Ένα από τα κοντινά χωριά είναι τα Φέρμα .
Το Κουτσουνάρι αναγνωρίστηκε το 1961 ως οικισμός της τότε αγροτικής κοινότητας Αγίου Ιωάννη της οποίας το 1984 με το ΦΕΚ 22Α - 28/02/1984 ορίστηκε έδρα.[5]